Разработчику виднее - на какие директории и файлы выставлять права. Это скорее бонус к безопасности.

Думаю, будет хорошо добавлять к товару ссылки на ютубы, вокруг которых шаблон будет формировать ифрейм. Предусмотреть добавление нескольких видео с подписями к ним :)

И где код, господа?

Предложенная идея хороша, если нужно для определенного сегмента показать особенные предложения, но это черезчур сильно усложнит работу.

В движке нету ни выбора в фильтре 2х свойств 1 группы одновременно, ни загрузки удаленно фотки, ни сортировки по значимости в фильтре, ни многих других вещей, ни страниц для пары "группа товара + бренд". Допилить все это - дело 5к баксов на аутсорсинге стоит.

Думаю, экстенсивного роста движка в мегофункциональный а-ля ОВОКС не предполагается,

Что мешает настроить в Google Analytics отслеживание целей? 

В помощь - http://support.google.com/analytics/bin/answer.py?hl=ru&answer=1033867

Просто блок старой цены перенести в варианты. 

Никто не мешает, но если работать над пользовательскими факторами - стоит учитывать отображаемое к-во символов в выдаче поисковой системы.

Потому что в под запрос "ноутбуки dell" эффективнее затачивать 1 страницу, чем страницу категории под  20-30 таких пар.

Визуальный редактор, думаю, никчему - меню не каждый раз же раз менять )

Минифицировать можно и самостоятельно - http://www.cssminifier.com/